À la suite de sièges et de guerres, la Seigneurie a fini par échouer par héritage à René d’Anjou, dit « le bon roi René ». Au décès de ce dernier en 1480, les Baux sont rattachés au Royaume de France entrant ainsi dans le domaine royal.

Le Roi de France, se méfiant d'une forteresse si puissante et si loin de sa Cour, ordonne son démantèlement, de peur qu'elle ne tombe dans les mains de ses ennemis et notamment des opposants à son autorité en Provence. Après son démantèlement, la seigneurie est transformée en baronnie et attribuée, en guise de reconnaissance, aux fidèles serviteurs des Rois de France. Le plus célèbre d’entre eux reste le connétable de Montmorency, ami d’enfance de François Ier.

En 1631, la forteresse est de nouveau aux mains des insurgés. En effet, la décision royale de supprimer le Parlement de Provence, a provoqué une révolte à Aix-en-Provence, menée par Gaston d’Orléans contre son frère Louis XIII. Arrêtés par le Prince de Condé, certains rebelles s'enfuient et se réfugient aux Baux.

Richelieu décide alors d’anéantir cette place contestataire et donne ordre d’assiéger la ville. Malgré une défense héroïque de 27 jours, les portes finissent par s’ouvrir. Las des guerres et des pillages, les habitants des Baux demandent d’eux-mêmes la destruction des remparts. À la poudre et à la pioche, les hauts murs sont démantelés et la citadelle des Baux se rend définitivement au pouvoir royal.

Une découverte scientifique attire l’attention sur ce bourg devenu village : un chimiste dénommé Berthier trouve dans les environs une roche rouge qui permet de produire l’aluminium. Il la baptise « bauxite ».

En 1945, l’ouverture du célèbre restaurant « L’Oustau de Baumanière » ouvert par Raymond Thuillier, attire chefs d’États, artistes et personnages célèbres. Leur venue marque la redécouverte des Baux par un large public sensible au caractère unique de ce lieu.